diff --git a/R/mcmc-recover.R b/R/mcmc-recover.R index b1c4b92b..fed75c80 100644 --- a/R/mcmc-recover.R +++ b/R/mcmc-recover.R @@ -225,65 +225,73 @@ mcmc_recover_scatter <- size = 3, alpha = 1) { - check_ignored_arguments(...) - x <- merge_chains(prepare_mcmc_array(x)) + check_ignored_arguments(...) + x <- merge_chains(prepare_mcmc_array(x)) - stopifnot( - is.numeric(true), - ncol(x) == length(true), - length(batch) == length(true) - ) - all_separate <- length(unique(batch)) == length(true) - point_est <- match.arg(point_est) - plot_data <- data.frame( - Parameter = colnames(x), - Point = apply(x, 2, point_est), - True = true - ) - if (!all_separate) { - plot_data$Batch <- factor(batch, levels = unique(batch)) - } else { - plot_data$Batch <- - factor(colnames(x), levels = colnames(x)[as.integer(as.factor(batch))]) - } + stopifnot( + is.numeric(true), + ncol(x) == length(true), + length(batch) == length(true) + ) - facet_args[["facets"]] <- ~ Batch - if (is.null(facet_args[["strip.position"]])) - facet_args[["strip.position"]] <- "top" - if (is.null(facet_args[["scales"]])) - facet_args[["scales"]] <- "free" + one_true_per_batch <- length(unique(batch)) == length(true) + one_batch <- length(unique(batch)) == 1 - graph <- ggplot(plot_data, aes_(x = ~ True, y = ~ Point)) + - geom_abline( - slope = 1, - intercept = 0, - linetype = 2, - color = "black" - ) + - geom_point( - shape = 21, - color = get_color("mh"), - fill = get_color("m"), - size = size, - alpha = alpha - ) + - do.call("facet_wrap", facet_args) + - labs(y = "Estimated", x = "True") + - bayesplot_theme_get() + point_est <- match.arg(point_est) + plot_data <- data.frame( + Parameter = colnames(x), + Point = apply(x, 2, point_est), + True = true + ) - if (length(unique(batch)) == 1) { - g <- ggplot_build(graph) - xylim <- g$layout$panel_ranges[[1]] - xylim <- range(xylim$y.range, xylim$x.range) - graph <- graph + coord_fixed(xlim = xylim, ylim = xylim) - } + if (!one_true_per_batch) { + plot_data$Batch <- factor(batch, levels = unique(batch)) + } else { + plot_data$Batch <- + factor(colnames(x), levels = colnames(x)[as.integer(as.factor(batch))]) + } - if (all_separate) - return(graph) + facet_args[["facets"]] <- "Batch" + facet_args[["strip.position"]] <- facet_args[["strip.position"]] %||% "top" + facet_args[["scales"]] <- facet_args[["scales"]] %||% "free" - graph + facet_text(FALSE) + # To ensure that the x and y scales have the same range, find the min and max + # value on each coordinate. plot them invisibly with geom_blank() later on. + corners <- plot_data %>% + group_by(.data$Batch) %>% + summarise( + min = min(pmin(.data$Point, .data$True)), + max = max(pmax(.data$Point, .data$True)) + ) + + graph <- + ggplot(plot_data, aes_(x = ~ True, y = ~ Point)) + + geom_abline( + slope = 1, + intercept = 0, + linetype = 2, + color = "black" + ) + + geom_point( + shape = 21, + color = get_color("mh"), + fill = get_color("m"), + size = size, + alpha = alpha + ) + + geom_blank(aes(x = min, y = min), data = corners) + + geom_blank(aes(x = max, y = max), data = corners) + + do.call("facet_wrap", facet_args) + + labs(x = "True", y = "Estimated") + + bayesplot_theme_get() + + if (one_batch) { + graph <- graph + facet_text(FALSE) } + graph +} + #' @rdname MCMC-recover #' @export diff --git a/tests/figs/deps.txt b/tests/figs/deps.txt index 8bd22f84..059d3572 100644 --- a/tests/figs/deps.txt +++ b/tests/figs/deps.txt @@ -1,6 +1,3 @@ -Fontconfig: 2.11.94 -FreeType: 2.6.0 -Cairo: 1.14.2 -vdiffr: 0.2.3 -svglite: 1.2.1 -ggplot2: 3.0.0 +- vdiffr-svg-engine: 1.0 +- vdiffr: 0.3.0 +- freetypeharfbuzz: 0.2.5 diff --git a/tests/figs/mcmc-diagnostics/mcmc-neff-default.svg b/tests/figs/mcmc-diagnostics/mcmc-neff-default.svg index 665279ff..f71ba10e 100644 --- a/tests/figs/mcmc-diagnostics/mcmc-neff-default.svg +++ b/tests/figs/mcmc-diagnostics/mcmc-neff-default.svg @@ -2,7 +2,7 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +V1 + + + + + + + + + + +V2 + + + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 + +-4 +-2 +0 +2 +4 + + + + + + +-2 +0 +2 + + + +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 +mcmc trace (default) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-custom.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-custom.svg new file mode 100644 index 00000000..da78c63f --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-custom.svg @@ -0,0 +1,101 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 + +Divergence +mcmc trace divergences (custom) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-default.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-default.svg new file mode 100644 index 00000000..b94d56b7 --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-divergences-default.svg @@ -0,0 +1,101 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 + +Divergence +mcmc trace divergences (default) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-alpha.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-alpha.svg new file mode 100644 index 00000000..6a53c1e2 --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-alpha.svg @@ -0,0 +1,2051 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 + + +Other chains +Chain 1 +mcmc trace highlight (alpha) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-default.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-default.svg new file mode 100644 index 00000000..f3d53b98 --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-default.svg @@ -0,0 +1,2051 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 + + +Other chains +Chain 1 +mcmc trace highlight (default) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-other-chain.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-other-chain.svg new file mode 100644 index 00000000..501102bc --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-highlight-other-chain.svg @@ -0,0 +1,2051 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 + + +Other chains +Chain 2 +mcmc trace highlight (other chain) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-iter1-offset.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-iter1-offset.svg new file mode 100644 index 00000000..d59f17a6 --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-iter1-offset.svg @@ -0,0 +1,119 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +V1 + + + + + + + + + + +V2 + + + + + + + + + + + + +200 +300 +400 +500 +600 +700 + + + + + + + +200 +300 +400 +500 +600 +700 + +-4 +-2 +0 +2 +4 + + + + + + +-2 +0 +2 + + + +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 +mcmc trace (iter1 offset) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-one-parameter.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-one-parameter.svg new file mode 100644 index 00000000..ed35c284 --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-one-parameter.svg @@ -0,0 +1,60 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2 +0 +2 + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 +V1 +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 +mcmc trace (one parameter) + diff --git a/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-warmup-window.svg b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-warmup-window.svg new file mode 100644 index 00000000..b64e148c --- /dev/null +++ b/tests/figs/mcmc-traces/mcmc-trace-warmup-window.svg @@ -0,0 +1,121 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +V1 + + + + + + + + + + +V2 + + + + + + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 + + + + + + + +0 +100 +200 +300 +400 +500 + +-4 +-2 +0 +2 +4 + + + + + + +-2 +0 +2 + + + +Chain + + + + +1 +2 +3 +4 +mcmc trace (warmup window) + diff --git a/tests/figs/ppc-distributions/ppc-boxplot-alpha-size.svg b/tests/figs/ppc-distributions/ppc-boxplot-alpha-size.svg index f3f3adb4..0b2e5e6e 100644 --- a/tests/figs/ppc-distributions/ppc-boxplot-alpha-size.svg +++ b/tests/figs/ppc-distributions/ppc-boxplot-alpha-size.svg @@ -2,7 +2,7 @@